1993年11月14日，中共中央十四届三中全会《关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》指出：要制定各种职业资格的标准和录用标准，实行学历文凭和职业资格两种证书制度。此时，我国的执业药师资格制度正在制订之中。

1994年2月22日，劳动部、人事部联合发布了《职业资格证书规定》，明确提出：执业资格是政府对某些责任较大，社会通用性强，关系公共利益的专业（工种）实行的准入控制，是专业技术人员依法独立开业或独立从事某种专业技术工作学识、技术和能力的必备标准。此时，我国的执业药师资格制度已经基本完成制订工作，离颁布之日不到20天。

1994年3月15日，原国家医药管理局与人事部联合颁发了《执业药师资格制度暂行规定》，同年认定了两批共计1000多名执业药师，在我国西药领域拉开了执业药师管理的序幕。

1995年7月5日，原国家中医药管理局与人事部联合颁发了《执业中药师资格制度暂行规定》，同年认定了434名执业中药师，至此，我国中西药领域都开始实施执业药师管理工作。

1995年10月，进行了首次执业药师资格考试；1996年10月，进行了首次执业中药师资格考试；1997年1月，《中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定》正式提出要建立执业药师资格制度。

1994年至1998年，是执业药师管理工作的起步阶段。此间，执业药师资格制度只在药品生产、经营领域施行；执业药师的作用、重要性没有得到足够和广泛的重视，执业药师数量增长缓慢。但这一阶段为以后执业药师管理工作的发展奠定了重要基础。

1997年1月，中共中央、国务院发布了《关于卫生改革与发展的决定》，对建立执业药师资格制度提出了明确要求。

1998年，国务院办公厅“关于药监局职能配置内设机构和人员编制规定”中规定：“拟订和完善执业药师（含执业中药师）资格认定制度，指导执业药师（含执业中药师）资格考试和注册工作。”2003年，国务院办公厅在“关于食品药品监督管理局职能配置内设机构和人员编制规定”中再次明确了国家食品药品监督管理局的建立和完善执业药师制度的职能。

根据“三定”方案的规定，执业药师工作由食品药品监督管理局负责。执业药师的资格准入考试、注册、继续教育和监督管理应当由食品药品监督管理局制定相应管理办法。

1998年国家药品监督管理局成立后，先后出台了《执业药师资格制度暂行规定》（与人事部联合制定）、《执业药师资格考试实施办法》、《执业药师注册管理办法》、《执业药师继续教育管理暂行办法》等规范性文件，实行了执业药师管理的五个统一：统一政策、统一考试、统一注册、统一继续教育、统一监督管理。通过这些制度的推行和实施，执业药师队伍从无到有不断壮大，到2002底，全国共有79410人通过资格考试或考核认定的方式取得执业药师资格，在已注册的执业药师中，在药品经营企业和医疗机构的执业药师占了总数的66.4%(其中,经营企业执业药师占28%)，生产企业占33.6%，执业药师在药品生产、经营和使用领域中为保证公众用药安全有效、提高药品质量发挥了积极的作用，同时也推动了药学服务水平的提高。9年来的实践，为制定“执业药师法”积累了经验，创造了条件。